| Protein ZmMADS3 | |
|---|---|
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ZmMADS3 is a protein in the MADS family.
|
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| Information | |
| TF Name: | ZmMADS3 |
| Species: | Maize |
| TF Family: | MADS |
| Gene Name(Synonym): | MADS3 |
| Uniprot ID: | B6TA20 |
Protein ZmMADS3
ZmMADS3 is a protein in the MADS family.
| Overview of domains present in v5 transcripts | ||
|---|---|---|
| PF00319 | PF01486 | |
| Zm00001eb298680_T001 |  | |
Protein-DNA Interactions
Meme Logos for Maize v4 Gene IDs
| Gene ID | Type | MEME Logo | Sequence | FIMO | Position |
|---|---|---|---|---|---|
| Zm00001d018667 | DAPseq |  |
sequence | fimo | position |
| Zm00001d018667 | DAPseq |  |
sequence | fimo | position |
| Zm00001d018667 | ChIPseq |  |
sequence | fimo | position |
| Zm00001d018667 | PChIPseq |  |
sequence | fimo | position |
Interactions where ZmMADS3 is the regulator
Interactions where ZmMADS3 is the target
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Zm00001eb298680_T001 from maize genome v5
Amino Acid Sequence
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| Secondary Structure Color Code | |
|---|---|
| BEND | region with high backbone curvature without specific hydrogen bonding |
| HELX_LH_PP_P | left-handed polyproline helix |
| HELX_RH_3T_P | right-handed 3-10 helix |
| HELX_RH_AL_P | right-handed alpha helix |
| HELX_RH_PI_P | right-handed pi helix |
| STRN | beta strand |
| TURN_TY1_P | type I turn |
| UNDETERMINED | no data available |
| Domains Present | |
|---|---|
| PF00319 |
|
| PF01486 |
|
| PF01486 |
|
| Hover here to show all domains | |
Nucleotide Sequence
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GRMZM2G072582_T01 from maize genome v3
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TGCCGCCTCGTTGCATTTGCATCGGCAACAGAACAGTTTGATGTGTGTCTCGTCTTTTGTGTAGCTTTCAGAGAGGCAGAAGGCGGTCGCTAGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGCAGTGGGACCAGCAGACACAGGTCCAGGTCCAGACAAGCTCATCGTCTTCTTCCTTCATGATGAGGCAGGATCAACAGGGACTGCCACCTCCACAAAACATCTGCTTCCCGCCGTTGAGCATCGGAGAGAGAGGCGAAGAGGTGGCTGCGGCGGCGCAGCAGCAGCTGCCTCCTCCTCCGGGGCAGGCGCAACCACAGCTCCGCATCGCAGGTCTGCCGCCATGGATGCTGAGCCACCTCAACGCATAAGGAGGGCGAGCAAATGGCGTGCGAAGTGATTGATTGCTCACCGTTGATTGAACGATAGCCTAAGTTCATGGCGGCAGCAAACTAAGCTAAAACTATTGTTATGTTTGCAAGGAAGGGTAGGGTAACCCGCTGTGTAATCTTTGTCCAGCTAGCATGTACCAACTGAGATGCATGCATGCTTATTATTGTCCAATTACCCGTGAATCTAGCGGTGCTTTTGGTGAGAGGCCGGCCGGTCGGGTGCAGTTTACTTCAAATATGGTTTGTGATTTTGTGTAAATAGTATTAACTAGGAGTCCTATGGTAAGTAAATTAATTAATGGGAGGATGCATGAATAAAACCTCTCTTGTGCTGCAGATTCATGAGCCTCATTTTTTTTTGAAAGATCGAGAAAGTCAACTGTGTAGGGGTTGAATGAGGGACAATTAAAAT
GRMZM2G072582_T02 from maize genome v3
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Nucleotide Sequence
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ACACTCTCTGTGTCTCTCGCGTCGCGCCCGGCCGTCGCCTCCCCTCCCTCCCTGCACCGACCGATCCCTCCCCTGAACCCCTCCTCACATCCTACCACCTCTTTAAAGCTACCCAGCTACCTGCCTGCCTCGCCTCAACCTCGCCGGCGGCCGCAGCCGCATAGACCGGAAGAGAAAGGAAGCAGAGATCGGAGGCAGGCGAAGATGGGGCGCGGCAAGGTGCAGCTGAAGCGGATAGAGAACAAGATAAACCGGCAGGTGACCTTCTCCAAGCGCCGGAACGGGCTGCTGAAGAAGGCGCACGAGATCTCCGTCCTCTGCGACGCCGAGGTCGCCGTCATCGTCTTCTCCCCCAAGGGCAAGCTCTACGAGTACGCCTCCGACTCCCGCATGGACAAAATTCTAGAACGTTATGAGCGATATTCCTATGCTGAAAAGGCTCTTATTTCAGCTGAATCTGAAAGTGAGGGAAATTGGTGCCACGAATACAGGAAACTGAAGGCCAAAATTGAGACCATACAAAGATGCCACAAGCACCTGATGGGAGAGGATCTGGAGTCTTTGAATCCAAAAGAGCTCCAACAACTAGAGCAGCAGCTGGAGAGCTCACTGAAGCACATCAGATCAAGAAAGAGCCACCTTATGGCCGAGTCAATTTCTGAGCTTCAGAAGAAGGAGAGGTCACTGCAGGAGGAGAACAAGGCTCTACAGAAGGAACTTTCAGAGAGGCAGAAGGCGGTCGCTAGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGCAGTGGGACCAGCAGACACAGGTCCAGGTCCAGACAAGCTCATCGTCTTCTTCCTTCATGATGAGGCAGGATCAACAGGGACTGCCACCTCCACAAAACATCTGCTTCCCGCCGTTGAGCATCGGAGAGAGAGGCGAAGAGGTGGCTGCGGCGGCGCAGCAGCAGCTGCCTCCTCCTCCGGGGCAGGCGCAACCACAGCTCCGCATCGCAGGTCTGCCGCCATGGATGCTGAGCCACCTCAACGCATAAGGAGGGCGAGCAAATGGCGTGCGAAGTGATTGATTGCTCACCGTTGATTGAACGATAGCCTAAGTTCATGGCGGCAGCAAACTAAGCTAAAACTATTGTTATGTTTGCAAGGAAGGGTAGGGTAACCCGCTGTGTAATCTTTGTCCAGCTAGCATGTACCAACTGAGATGCATGCATGCTTATTATTGTCCAATTACCCGTGAATCTAGCGGTGCTTTTGGTGAGAGGCCGGCCGGTCGGGTGCAGTTTACTTCAAATATGGTTTGTGATTTTGTGTAAATAGTATTAACTAGGAGTCCTATGGTAAGTAAATTAATTAATGGGAGGATGCATGAATAAAACCTCTCTTGTGCTGCAGA
GRMZM2G072582_T03 from maize genome v3
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TATGTGTATTATACTGCTAAAAATATCTTCTTCTTCTCGGCCGTACAAATGGGGCGCGGCAAGGTGCAGCTGAAGCGGATAGAGAACAAGATAAACCGGCAGGTGACCTTCTCCAAGCGCCGGAACGGGCTGCTGAAGAAGGCGCACGAGATCTCCGTCCTCTGCGACGCCGAGGTCGCCGTCATCGTCTTCTCCCCCAAGGGCAAGCTCTACGAGTACGCCTCCGACTCCCGCATGGACAAAATTCTAGAACGTTATGAGCGATATTCCTATGCTGAAAAGGCTCTTATTTCAGCTGAATCTGAAAGTGAGGTGAGATCACAGGTTGTGAAATTTAGCATGCACCTTACTTTGTTTCATGCGCCAAGCCGCCAATGCTTCATTAATTATTATCATACGTTTTGTATGAGTAAGATCGCTCTCGTGTGTGAAAATATGTGTAAATTTTCTTTTTGTGTTTTTTTGAACAAAACAATAAGCATCGTTCAAACAATTTAACTTAATTAAAGGTTGTAGGGTACTAGGATGACCTTATATTTTATGTTAAATACTATCAACTGGACCTTTGAACGTTCACATGTAAATGCAAAGATG
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Zm00001d018667_T002 from maize genome v4
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GTGTCTCTCGCGTCGCGCCCGGCCG...
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Zm00001d018667_T003 from maize genome v4
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LQEENKALQKELSERQKAVASRQQQQQQVQWDQQTQVQVQTSSSSSSFMMRQDQQGLPPPQNICFPPLSIGERGEEVAAA
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Zm00001d018667_T004 from maize genome v4
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ISAESESEVRSQVVKFSMHLTLFHAPSRQCFINYYHTFCMSKIALVCENMCKFSFCVFLNKTISIVQTI
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